十二月十二，眾臣請神宗昭妃劉氏負責為皇帝選后妃，昭妃朱由校倒是見過，知道她是個不喜弄權(quán)，性情平和的人，這樣的人來主持選妃之事是最適宜的了。
　　方從哲又上奏要歸老，這不知道是朱由校登基以來的第幾次了。以前每次朱由校都是慰留，現(xiàn)在可能真的抗不住下面的攻擊了。具體來說，攻擊他的主要是三個方面，一是引薦、賞賜李可灼。二是未加以預防，導致先皇駕崩。三是與鄭家勾結(jié)。朱由校不想方從哲走，如果他走了，整個朝堂就真的變成了東林人的一言堂了，即使是做擋箭牌，也不能讓他走。于是下旨：首輔所為，朕歷歷在目，引薦李可灼，正為首輔職責，賞賜乃先皇之意，其余未加預防及與鄭家勾結(jié)，均為莫須有之事。言官論事，不可風聞，須有實據(jù)。著方從哲封為太師，進中極殿大學士。
　　這旨一下，整個朝堂頓時鴉雀無聲。上次大家一吵，就將熊廷弼轟下來了，讓御史和給事中們都精神大振，這么長時間東林派的孫慎行、惠世揚等不斷攻擊方從哲在紅丸案中作為不當，讓方從哲自己都認命了，已經(jīng)做好了充分的思想準備，并且和東林黨私下達成協(xié)議，對于紅丸案，最后的結(jié)論是眾臣皆有罪，這樣給方從哲一個臺階，讓他自己要求下臺。
　　現(xiàn)在不但是東林派的人愣住了，就連方從哲都愣住了。但他是有原則的人，已經(jīng)都和東林黨人說好了，當然不能不遵守約定，于是他堅決不接受皇帝的任命，要辭職歸老。
　　朱由校不知道這老頭子為什么一定要辭職，但至少可以看出他是真心要辭職的，而自己偏偏不想也不能讓他辭職。于是只好說道：“朕登基以來，方卿所為，深體朕心，不知朕有何失德，竟讓大學士如此厭棄，讓眾臣如此深惡之，必欲去朕之肱股？”
　　這話說得太重，群臣全部跪在地上，同聲叫道：“陛下天生圣明，是臣等失職?！睅讉€攻擊方從哲很起勁的人連連叩頭，口中說道：“臣等死罪，請陛下責罰?！?br/>　　這不是廷推，廷推給事中還可以封駁?，F(xiàn)在是方從哲自己請辭，皇帝不愿意他辭職，群臣是沒有辦法的。何況皇帝說出這樣的話來，意思就是指群臣有脅迫之意，這個罪名太重，大家不敢承擔。
　　這時候只有方從哲出來打圓場：“陛下，臣身體老邁，深恐有誤國事，所以才要告老，卻未能體察圣意，其罪在臣。諸位同僚亦是此意，才有彈劾之語，并無針對圣上之意，請陛下收回此言，不然臣等不得安心。”
　　用這種方法終于取得了勝利，使朱由校找到了對付大臣的方法。你們不是喜歡講大道理嗎，我就和你們講更大的道理，看看到底誰的道理大。這個發(fā)現(xiàn)讓他興奮不已，講道理，誰不會呀，皇帝的道理總是最大的，我們走著瞧。
　　朱由校也就順坡下驢，不再追究這個事。這個結(jié)果大家都很滿意，朱由校保住了方從哲，方從哲從被迫辭職變成了依舊當他的首輔，群臣逃避了脅迫皇帝的罪名。當然，東林黨的人是不是高興，那就不知道了。不過出殿的時候，楊漣，左光斗幾個人的臉色倒確實不大好看。
　　十二月二十四，大學士方從哲等以遼陽告急，乞借發(fā)帑金。朱由校下旨:朕心念遼軍缺餉，準將大婚典禮所用銀兩暫借百萬給發(fā)。戶部尚書李汝華奏，因為遼餉過多，使得外庫已經(jīng)沒有多少銀兩了，不得已才求助內(nèi)庫。這讓朱由校更加心急造幣機的問題了，要徐光啟催問傳教士，傳教士說現(xiàn)在從大明到西方單程就要一年多，所以造幣機的問題只能等才行。