他一說出要提高官員俸祿，剛才心里有些小芥蒂的大臣們都開始鄙視自己剛才的小心思了。官員中有象李三才這樣非常富裕的情況，但大多數(shù)家里其實條件并不是太好，即使是東林黨中的楊漣、左光斗、趙南星、公鼐、黃尊素等都是小康水平而已。大家又一起跪倒，口中齊呼：“圣明無過皇上?！庇行┮驗榍辶载毟F的京官，更是激動得眼中微有濕意。
　　朱由校接著道：“關于商業(yè)稅的收取方法細則，由徐尚書主理，吏部禮部刑部工部亦要派人參加，一起商量出來后再上疏吧。至于增加俸祿之事，就由首輔大人牽頭，六部派人協(xié)助，也要定出一個辦法來，都報到朕這里來吧?！?br/>　　徐光啟和方從哲出列領旨，退朝后，眾臣魚貫退出，一路上就開始討論今天的兩個議題，倒也是頗為熱鬧。
　　很快，徐光啟將收稅方法寫了折子奏上，朱由校仔細一看，初步定下的稅率為半成，坐商一年收兩次，行商為一次貨物交一次，交稅之后，均應該發(fā)放稅票，行商的稅票通行全國，一次貨物不得重復收稅。
　　戶部于每縣設一稅務處，每州設一稅務司，每府設一稅務局，每?。ú颊荆┰O一稅務廳，戶部則設一稅務總署，徐光啟推薦的署長是畢自嚴。朱由校下旨右僉都御史兼天津巡撫畢自嚴著升為戶部左侍郎，兼任稅務總署署長，稅務系統(tǒng)進行直管，與當?shù)毓俑疅o從屬關系，并可以調動地方軍隊對付惡意抗稅的商家。
　　在這一期的《大明周報》中，議政部分出現(xiàn)了一篇署名嘯啟先生的文章《為什么要收商業(yè)稅》，這篇文章全部用的白話，先從國家的職責說開來，認為國家應該是保證每個臣民的權利的，那如何保證呢？就需要軍隊，官府衙門，學校，養(yǎng)濟院、惠民藥局、漏澤園等各個機構，而這些機構的正常運行都是需要用錢來支撐的，錢來自哪里呢，當然只能由稅收中來，這就是所謂的“取之于民，用之于民”。
　　而朝廷的稅收現(xiàn)階段主要是農(nóng)稅，朝廷為了對付建奴加收了遼餉。普通農(nóng)家大多貧苦，很多人家已是不堪重負，而商業(yè)稅則幾乎沒有收，很多大商人因此而變得富可敵國，例如前河運總督李某，家產(chǎn)超過了一年朝廷的歲入，這樣的情況就是沒有收商業(yè)稅的結果，本來應該是國家的錢，也就是大家的錢，結果卻聚在少數(shù)人手里去了，供他們花天酒地，而國家和普通人卻根本沒錢可用。
　　然后他提出稅收應該順應天道，要做到損有余而補不足，所以應該要收商業(yè)稅，而且應該是收重稅，將逃稅者嚴懲。并希望皇上能好好查一下官員的家產(chǎn)，相信有大量家產(chǎn)的人不可能所有的錢都是干凈的，只要查出有違國法，應該斬其頭，抄其家，滅其族。
　　最后他認為，商人能夠在一個平安的環(huán)境下經(jīng)商，在行商過程中沒有盜匪搶劫，坐商沒有地痞流氓搗亂，本來就是朝廷善加管理的結果，朝廷缺錢，最后導致管理不善，盜賊蜂起，流氓橫行，最后吃虧的還是商人，商人們應該想明白這一點，交稅其實就是保護自己，是為了自己的利益。