正如海瑞所料，萬歷三年三月二十六日，華亭和松江府同時(shí)報(bào)民變。兩處加起來近一萬三千多饑民被別有用心之人引導(dǎo)，華亭縣饑民先沖擊常平倉，后沖擊徐府搶糧；府城的沖擊府庫、府衙。
因府、縣和兵備道早就有所準(zhǔn)備，王以修、楊瑞云、蔡國熙等立即出手，民變剛起，即被撲滅。兩處損失都不大，唯有徐府的大門被沖破，損失不小。后來官兵趕到，將領(lǐng)頭的饑民全數(shù)逮捕，彈壓住了。
民變主力即為江南大族以朝廷重申蓄奴令為由所開革的大量奴仆，夾雜著些失去生計(jì)且不愿離鄉(xiāng)的佃戶。因此此次民變準(zhǔn)確來說，是奴變。——史稱“松江奴變?！敝祚粹x掌權(quán)以來，此次民變?yōu)榻系貐^(qū)規(guī)模最大的一次。
還如海瑞所料，民變剛報(bào)到京師，加急諭旨就下來，真的任命海瑞為“巡撫江南督察松江民變專案”欽差大臣，并授王命旗牌，行轅設(shè)在南京，圣旨命他大張旗鼓，調(diào)查松江奴變內(nèi)情。
圣旨內(nèi)容傳了出去，江南各地見皇帝毫無認(rèn)錯(cuò)之意，這心思竟都蠢動(dòng)起來。此時(shí)，不知從哪里傳出來，說徐家、董家、莊家等一些大家，因皇帝讓他們退田，故意鼓動(dòng)民變脅迫朝廷——所以皇帝派海青天徹查。
不消半個(gè)月，這消息傳得到處都是，眾人一聽還有這般內(nèi)情，這往造反上靠的事兒卻誰也不敢干，這南方同情徐家，斥罵朝廷的言論竟因此謠言傳播，導(dǎo)致溫度低了低。
海瑞四月初八就接到諭旨，心道果然，仿佛吞了個(gè)蒼蠅似的。然而他畢竟不是以私心害國事的人，只好打疊精神，發(fā)揮出他辦案特長，開始窮究根治。
此次民變的兩大黑手，海瑞心中明鏡般，一方是以徐家為首的江南豪族；一方是遠(yuǎn)在京師，身居大內(nèi)的朱翊鈞，這查案的方向一點(diǎn)兒跑偏不了。
海瑞倒是有心查一查錦衣衛(wèi)和鎮(zhèn)守太監(jiān)府在民變中起了些什么作用，但是這些人個(gè)個(gè)滑不留手，欽差大人問話時(shí)，先把董家、莊家、徐家等大族中人在民變前互相串聯(lián)的情況兜了個(gè)底掉。
但海瑞問他們?yōu)楹尾患皶r(shí)報(bào)給應(yīng)天巡撫或松江府時(shí)，口徑一致的回答是，對這些大族和官員動(dòng)向監(jiān)視都是常規(guī)工作，但誰能想到這些人狼子野心，居然攛掇民變以脅迫朝廷？這誰能想到？
海瑞心說皇帝給我喂蒼蠅，你們這是給我喂屎??！但他絕不是不通權(quán)變之人，本身對這些盤根錯(cuò)節(jié)的江南豪族半點(diǎn)好感都欠奉。對皇帝這只大黑手他沒有任何切實(shí)的證據(jù)，只好捏著鼻子認(rèn)了賬。
到了四月底，海瑞已將整個(gè)民變案厘清，形成專報(bào)加急送京師。
奏章中除了奏報(bào)案情，海瑞還提醒朝廷：江南此時(shí)輿論鼎沸——對徐閣老家遭受奴變沖擊，老翁攜家眷狼狽逃竄，險(xiǎn)些陷于賊手的慘狀報(bào)以極大同情。
海瑞奏報(bào)，整個(gè)江南對朝廷重申蓄奴令、打擊豪族做法的批評之聲，已經(jīng)沸反盈天。若朝廷不能善加妥處，還會有民變發(fā)生！
張居正覽奏后，見海瑞已經(jīng)將徐階兩子在民變前與董家、莊家等豪族互相串聯(lián)之事做成了鐵案，心中大驚，平生第一次產(chǎn)生了對海瑞操守的懷疑。
以他對徐階的了解，自家老師的滑不溜手程度已堪破造化，達(dá)到了神而化之的境界。如何能留下這么大把柄給海瑞？但海瑞在奏章后面附的董、莊兩家幕后黑手的供詞，再加上錦衣衛(wèi)提供的監(jiān)視記錄，卻讓張居正對徐家也無甚緩頰處。
但老徐家還不得不救，若被皇帝把徐家給破了門、抄了家，朝廷付出的政治代價(jià)太大不說，對張居正自身權(quán)威的損害也是極大。
沒辦法，張居正也不貼黃了，直接拿著海瑞厚厚的奏章求見皇帝。
朱翊鈞在養(yǎng)心殿東暖閣接見了張居正。張居正見到他時(shí)，見他桌子上放著一些帶著鎖的檀木匣子，上面刻著繁復(fù)的花紋，朱翊鈞正在一本本的看各地巡撫、欽差的“銀章直奏”。
此際，暮春的陽光照在朱翊鈞的臉上。平身后的張居正猛然發(fā)現(xiàn)，皇帝臉上原先飽滿的臉頰已經(jīng)消失，坐在御座上也能看出他身形變得越發(fā)瘦長，頦下也開始顯現(xiàn)若有若無的喉結(jié)。不由心中感慨道：“皇帝開始長成大人了，老夫這兩年卻老的厲害。”
放下感慨的心思，張居正將海瑞的奏章呈給皇帝。朱翊鈞翻開道：“這也是海瑞的奏章？”說完舉起手中未看完的密奏道：“這也是海瑞的奏章，因?yàn)樽叩氖倾y章密奏，比給朝廷還快些?！?br/>
說完笑道：“此諍臣也。海瑞卿家在密奏中指責(zé)朕暗中行詭詐之術(shù)，利用松江民變來推行大政。走的不是堂皇正道——這無憑無據(jù)的，倒是真敢說?！?br/>
張居正聞言一哂，心說海瑞總是語不驚人死不休的性子。一轉(zhuǎn)念間，心里又打了個(gè)突，后背一下子布滿了冷汗。