要讓朝廷下棄保漕運(yùn)的決心和讓朝廷放棄運(yùn)河，完全是兩回事。京杭運(yùn)河的功能，不僅是保漕糧運(yùn)輸，它還有一個(gè)作用不容忽視——將南北兩京的空間距離拉的很短。
運(yùn)河全部無(wú)法通航的時(shí)候，商賈行人在兩地陸路通行時(shí)間從原先的十天一下子能拉長(zhǎng)到一個(gè)月——這般低效絕對(duì)影響朝廷對(duì)整個(gè)江南這一賦稅重地的治理，也影響南北的商品流通。
因此，潘季馴所謂棄保漕運(yùn)，僅僅是說(shuō)棄保漕糧運(yùn)輸。也就是說(shuō)如果不用運(yùn)河來(lái)運(yùn)漕糧，那么就不必讓三千里運(yùn)河隨時(shí)保持貫通狀態(tài)——會(huì)極大的減少黃河的治理難度。
最初，為了滿足朱翊鈞保漕運(yùn)、保祖陵、保民生的“三?！币?，潘季馴的第一版治河報(bào)告中，向朝廷提出的治河之法受限很大，他既不敢加高家堰大壩蓄水攻沙，又不敢擴(kuò)大微山湖影響民生保運(yùn)，因此所做的工作全數(shù)是小打小鬧，修修補(bǔ)補(bǔ)，和朱衡的手段差不多。
即使朱翊鈞這個(gè)半外行看來(lái)，這一版方案也無(wú)法解決黃、淮密集泛濫的問(wèn)題。
萬(wàn)歷時(shí)期的黃河，已經(jīng)固定在新鄭——徐州——淮安一線數(shù)百年，直到清末才在河南銅瓦廂再次決口北歸，結(jié)束了黃淮合流的歷史。
永樂(lè)十八年，成祖遷都北京，京杭大運(yùn)河成為了命脈。而大運(yùn)河中徐州到清口的長(zhǎng)達(dá)五百里的運(yùn)道，必須得到黃河水的接濟(jì)才能保持暢通。
而黃河在兩淮和魯西南地區(qū)的橫沖直撞，分流眾多，嚴(yán)重影響漕運(yùn)。
于是，這段時(shí)間明代朝廷的治水思路是“南堵北疏，抑河南行，以保漕運(yùn)”，利用長(zhǎng)堤約束，把淮河及其支流作為黃河洪水的下游通道。弘治帝和嘉靖帝分別修建金堤和南堤，就是這種思想指導(dǎo)下的產(chǎn)物。
這樣思路和做法，帶來(lái)的直接后果是將黃河的泥沙淤積到淮河下游，導(dǎo)致原來(lái)深廣的淮河被淤積成地上河，淮河水系遭受了巨大破壞。而爭(zhēng)不過(guò)黃河的淮河，又另辟蹊徑，沖入長(zhǎng)江，導(dǎo)致長(zhǎng)江下游水流增大，給蘇松地區(qū)也帶來(lái)了巨大的防洪壓力。
可笑的是，朝廷只要保住漕運(yùn)，兩淮地區(qū)生民之苦，根本不在明代朝廷的考慮范圍內(nèi)。永樂(lè)十四年，黃河在開(kāi)封決口，泛濫十四州縣，由渦河入淮。因未危及運(yùn)道，當(dāng)時(shí)朝廷居然聽(tīng)之任之，讓黃河漫流四十余年，聽(tīng)之任之。
其后的正統(tǒng)、景泰、弘治、嘉靖年間，黃、淮河數(shù)次超級(jí)大水災(zāi)，朝廷的思路一直不變，仍以保運(yùn)道為主，將黃淮大地的生民置之不理。
當(dāng)時(shí)的豫東南、皖西北一帶，簡(jiǎn)直成了水鄉(xiāng)澤國(guó)，鳳陽(yáng)、泗州、淮安等地，長(zhǎng)受災(zāi)患，朝廷漠視災(zāi)民流轉(zhuǎn)哀號(hào)而不救。
后世廣為流傳的一段鳳陽(yáng)花鼓道出了明廷給生民帶來(lái)的錐心苦楚：“說(shuō)鳳陽(yáng)，道鳳陽(yáng)，鳳陽(yáng)本是個(gè)好地方，自從出了朱皇帝，十年倒有九年荒。大戶人家賣(mài)騾馬，小戶人家賣(mài)兒郎......”
這段歌詞即為明人所寫(xiě)，第一句的原文為：“家住廬州并鳳陽(yáng)......”，后世的鄧麗君還根據(jù)這首民歌創(chuàng)作了流行歌曲《鳳陽(yáng)花鼓》。
......
隨著潘季馴調(diào)研的深入，以及朱翊鈞棄保漕運(yùn)政策在腦海中逐漸成型，潘季馴在摒棄了“南堵北疏”治河思路的基礎(chǔ)上，完整提出了后世讓其得享大名的方案：加高加寬高家堰，積蓄洪澤湖水，利用洪澤湖水實(shí)施“束水攻沙”工程，刷深黃河淤積的水道，增大下游流量，從而減少兩河泛濫。
這一治河思路，原時(shí)空一直被貫徹的滿清末年。但在明代，有一個(gè)死結(jié)難以解開(kāi)——高家堰加高，洪澤湖擴(kuò)大加深，黃、淮河汛期到來(lái)時(shí)，會(huì)威脅到祖陵安全。因此，“束水攻沙”一直到明代滅亡，也始終是一個(gè)半吊子工程，黃淮河的泛濫還是多發(fā)。
朱翊鈞和張居正等閣臣反復(fù)商討，又請(qǐng)示了陳、李兩位太后，到最后也下不了動(dòng)遷祖陵的決心?！F(xiàn)在真要這么干，政治阻力太大了，說(shuō)動(dòng)搖國(guó)本都不為過(guò)。
但不遷祖陵，“束水攻沙”的效果就大打折扣，大明朝始終就要在這兩條河流的威脅下茍延殘喘，大量的資源投入到救災(zāi)補(bǔ)漏的惡性循環(huán)之中——這又是朱翊鈞所不能容忍的。
而且，因?yàn)楸緯r(shí)空潘季馴調(diào)研的比較深入，在第二版報(bào)告中，還提出了“束水攻沙”這一策略的短板。由于“黃淮合流”這一根源問(wèn)題沒(méi)有解決，且“黃強(qiáng)淮弱，黃高淮低”這一因素的作用，當(dāng)汛期之時(shí)，淮河水道并不能全部容納下泄的洪水，會(huì)導(dǎo)致回水倒灌洪澤湖，將洪澤湖的清水口淤塞。
長(zhǎng)此以往，一方面影響“束水攻沙”的效果，另一方面水流變緩后，徐州以下還會(huì)形成懸河。
潘季馴在第二個(gè)方案被皇帝否定之后，終于再次大其心，這次終于大的沒(méi)邊了——他居然想用一連串堤壩工程和開(kāi)挖新河，單獨(dú)恢復(fù)黃河、淮河的入海通道！
具體思路是，先把黃河進(jìn)入洪澤湖和原淮河的入水通道都截流，利用一連串的堤壩和舊河道，迫使黃河北上入海。然后以洪澤湖為樞紐，將淮河水放入舊河道，并截?cái)嗷春雍烷L(zhǎng)江的聯(lián)系。
這一宏偉工程，將利用新開(kāi)的加上以前的，共兩條河道交替使用，來(lái)徹底解決黃河的淤積問(wèn)題。施工方案如下：