他詢問過徐光啟南京教案的基本情況。萬歷四十四年，事禮部侍郎署南京禮部尚書沈榷三次向皇帝上奏攻擊基督教，在奏疏中他認為基督教教士有三大罪：一、傳教士送禮物給中國人是為了收買人心，以便在適當時候可以傾覆中國。二、傳教士曾幫助中國修歷，推算日蝕、月蝕等日期。沈灌認為傳教士以西洋方法治歷，違反堯舜以來一向的做法，是有意變亂中國傳統(tǒng)。三、沈榷指控傳教士破壞儒家文化，教導人不拜祭祖先，這更是中國人不能容忍的。甚至說在華天主教傳教士與白蓮教有染，圖謀不軌。朝廷在各方的壓力下，只好下令禁教，勒令將傳教士驅(qū)逐出境。于是傳教士有些被殺，有些下在監(jiān)獄里，日后又被驅(qū)逐到澳門，教堂也被搗毀。徐光啟曾經(jīng)上疏為教士辯護過，但最后還是沒有成功。
　　沈榷的理由當然不是都正確的，但他所說的第三點是大明人最不能容忍的，中國人有祭祀祖先的傳統(tǒng)，而基督教反對祭祀祖先，當然會引起大多數(shù)人的反感。利瑪竇對于中國教民祭孔祭祖都是不反對的，而在利瑪竇去世后，接替他的龍華民教士錯誤地估計了形勢，覺得現(xiàn)在形勢一片大好，認為現(xiàn)在傳教應該不再會有被驅(qū)逐出境的危險了，以前對中國祭孔祭祖的行為容忍是不對的，大力宣揚應該不準許中國教民祭祖，這才導致了南京教案。
　　金尼閣其實是比較贊同利瑪竇的傳教方法的，他從歐洲運來七千部書，其實就是利瑪竇主張的學術傳教：先用西方的學術來吸引中國人，然后讓他們接受西方的宗教就會容易得多了。但龍華民是他的上級，也一直都很欣賞他，而龍華民在大明基督徒祭孔祭祖以及一些基督教字詞的翻譯方面有他的堅持，他雖然對龍神父的堅持不是太以為然，但至少現(xiàn)在雙方關系還是很不錯的。雖然他知道南京教案與龍華民的傳教策略有直接關系，但是要他直接批評龍華民，重回利瑪竇的老路，還是有些困難的。
　　現(xiàn)在皇帝直接指出南京教案是傳教士這一方的原因，那就是直接告訴他，皇帝對他們的傳教教義和某些傳教方法是不滿的，而在這個國家里，皇帝的態(tài)度可以直接決定傳教的成果甚至是傳教能否進行。
　　“尊敬的陛下，使臣上次回去曾經(jīng)稟告我們的教皇，教皇已經(jīng)準許我們將《圣經(jīng)》翻譯成中文，并可以用中國話進行圣事，我們是非常想在大明傳播神的榮光的?！?br/>　　“你倒是學會了避實就虛呀，如果不修改教義，你們在大明的傳教是不會取得很好的成績的，你們自己好好的想一想吧。朕準許在京師建一座教會圖書館，你們帶來的書翻譯以后就放在這個圖書館里，如果你們自己商量好了準備修改教義的話，再和朕來說吧?！?br/>　　“謝過睿智的陛下的大恩，使臣會聽從陛下的建議，修改教義的，不過時日可能需要較長，因為我們要向教會匯報才行?！?br/>　　“好吧，朕對你們的書籍很有興趣，希望能早日看到這些書變成我們的語言?！敝煊尚７粗夸浾f道。
　　“朕已經(jīng)專門設置了翻譯局來將這些書籍翻譯成我們的文字，這個過程需要你們的幫助。另外，朕想要設置一所新的學校，教授的知識主要是你們擅長的機械方面，也請你們對課程設置和教學方法提一些建議。”