和張居正討論后，朱翊鈞又將緬甸糜爛的報告付廷議。在朝廷上下討論期間，朱翊鈞又連著兩天到武學(xué)討論如何出兵事宜。
　　
　　在軍機(jī)處的討論，一是決定是否使用京營，這一條在朱翊鈞的力主之下，逐漸達(dá)成一致；二是派兵的規(guī)模、路線和后勤保障。
　　
　　云南在帝國極西之地，進(jìn)出全無通途，盡數(shù)為險隘山路。自京師而至滇，五千余里。若按走一段運(yùn)河到湖廣，再穿越貴州至云南這條路線；或由湖廣進(jìn)四川再到云南的路線，大概要走小半年。先不說人受不受得了，光是這一路上的花費(fèi)和糧秣支應(yīng)，就會給地方帶來極大負(fù)擔(dān)。
　　
　　為了解決京營入滇問題，武學(xué)后勤系兩年來投入大量精力對全國各地糧秣的轉(zhuǎn)運(yùn)研究終于結(jié)出了碩果。劉應(yīng)節(jié)組織教授和熟悉各地地理的教員，對于此次進(jìn)兵路線制定了新方案：先從天津坐運(yùn)糧的漕船，沿海直放杭州。
　　
　　中途設(shè)兩處補(bǔ)給點(diǎn)，分別為登州、海州，待到達(dá)杭州后，由地方支應(yīng)糧草和船只，沿長江溯流而上，到達(dá)洞庭湖。
　　
　　過了洞庭湖，再走一段沅江，即可到貴州境內(nèi)。到達(dá)貴州之后，能走水路的盡量再走一段水路，不能走水路的只好步行。
　　
　　這一方案比通過運(yùn)河、江運(yùn)并走大段山路要好的多，獲得了與會人士一致好評。
　　
　　但因?yàn)殂浣嫌纬浇偻?，水勢落差極大，基本無法行船。且進(jìn)入了土、漢雜居之地，要經(jīng)過十多個土司的地界，糧秣問題難以解決。因此朝廷要提前下旨到貴州宣慰司，令各府提前做好支應(yīng)準(zhǔn)備。
　　
　　朱翊鈞見劉應(yīng)節(jié)領(lǐng)導(dǎo)的后勤系方案做的面面俱到，心中甚喜。點(diǎn)評這一方案為“獨(dú)出機(jī)杼”，給予了賞賜表彰。
　　
　　解決了行軍路線和后勤問題，還要解決水土不服和瘴癘傷人的問題。在這方面，京師醫(yī)學(xué)院派上了大用處。
　　
　　在醫(yī)學(xué)進(jìn)步方面，在醫(yī)學(xué)院成立后，朱翊鈞直接指明了多條研究路徑。其一是研究微生物引發(fā)疾病的方向；其二是利用解剖學(xué)研究病理的方向；其三是講衛(wèi)生、消殺等護(hù)理學(xué)方向。
　　
　　在疫情防控方面，首重微生物研究。而這一研究首先要有高透明度的玻璃磨制鏡片來制作顯微鏡。
　　
　　萬歷元年年底，候姓匠人發(fā)明吹筒法制作平板玻璃，曾獲得朱翊鈞親筆題字并賞銀二百兩。這一事件，把大明玻璃匠人的積極性刺激到了不可思議的程度。
　　
　　因?yàn)椴ＡУ纳a(chǎn)制造不太需要其他產(chǎn)業(yè)的配套，因此在高額懸賞下發(fā)展的很快。
　　
　　張鯨接到朱翊鈞制造鉛玻璃的任務(wù)后，先后發(fā)出懸賞計六千兩白銀，鼓勵內(nèi)府工匠進(jìn)行玻璃的工藝創(chuàng)新；在萬歷二年上半年，他又成立了專門的實(shí)驗(yàn)室，來試驗(yàn)皇帝的各種想法。
　　
　　短短三年，實(shí)驗(yàn)室把平板玻璃制取由吹筒法而改進(jìn)到平板法；隨后因?yàn)闊績r格高昂，又改進(jìn)了燃料，用煤來制取焦炭來燒制玻璃。
　　
　　但焦炭燒制的玻璃一直有些發(fā)黑，這困擾了實(shí)驗(yàn)室的工匠們很長時間。按照皇帝的指示，也依據(jù)中華民族煉金術(shù)傳統(tǒng)，工匠們試著往里面加了點(diǎn)鉛——沒好用。
　　
　　直到有一天，某個自肥皂廠升職到皇家實(shí)驗(yàn)室的田姓工匠突發(fā)奇想，又往里面加了點(diǎn)草木灰濾清液的結(jié)晶，神奇的變化終于發(fā)生，大明領(lǐng)先英國大概七十年，率先發(fā)明了高透明的鉛玻璃。
　　
　　朱翊鈞穿越到明代以后，也深思過著名的“李約瑟難題”，即中國明代為什么沒有如同歐洲生發(fā)出科學(xué)。
　　
　　他記起以前隨意在網(wǎng)上瀏覽時，曾經(jīng)看過一個鍵盤俠給出了一個特別奪人眼球的答案——就是因?yàn)橹袊鴽]有發(fā)明高透明的鉛玻璃。